Окончательное воссоединение Приамурья и Приморья с Россией произошло в середине XIX в. в условиях острого кризиса феодально-крепостнической системы в стране и бурно развивающиеся капиталистических отношений. Для развивающегося капитализма было характерно стремление «расшириться на другие территории, заселить и распахать новые части света». В России, как подчеркивал В. И. Ленин, это «особенно рельефно сказалось и продолжает сказываться на... окраинах».

Одновременно с исследованиями Невельского большая работа по подготовке воссоединения приамурских земель велась Муравьевым. 15 мая 1849 г. он представил подробную записку царю, в которой были изложены «различные предположения по Восточной Сибири в отношениях военном, политическом и административном». Записка была основана на личных впечатлениях Муравьева, впервые в административной практике побывавшего в Якутске, Охотске, на Камчатке.

Наряду с регулярными в Восточной Сибири имелись и казачьи части. На них возлагались особые надежды, так как, кроме военных возможностей, казаки представляли потенциальную силу для заселения и освоения новых земель. Но местное казачество еще не имело должной организации. В рапорте от 15 мая 1849 г. Муравьев внес конкретные предложения в этой области.

Положения о Забайкальском казачьем войске определяли все стороны его жизни. Управление состояло из войскового наказного атамана, обязанности которого возлагались па губернатора Забайкальской обл., войскового дежурства и войскового правления. Последнее имело в составе три экспедиции: хозяйственно-исполнительную, гражданскую и контрольную.

В сложившейся обстановке для русского правительства на первый план выдвинулись два наиболее актуальных вопроса — о плавании русских судов по Амуру и воссоединении с Россией всего левого берега этой реки и Приморья. Сплавы были необходимы для усиления русских войск в Петропавловске и закрытия устья Амура. К этому времени эхо Крымской войны, основные события которой развернулись на европейском театре, докатилось и до Дальнего Востока.

Успешное завершение первого сплава по Амуру способствовало укреплению обороноспособности восточных окраин страны, что было весьма своевременно в связи с переходом англо-французских военно-морских сил к активным действиям против России на Дальнем Востоке. В августе 1854 г. крупный отряд из шести кораблей Англии и Франции напал на Петропавловск: огнем с моря и высадкой десанта агрессоры пытались уничтожить его гарнизон. Но героические защитники города отбили все атаки неприятеля, нанеся ему тяжелые потери.

В 1856 г. в связи с прекращением состояния войны с Англией и Францией Россия приняла решение отвести большую часть войск с нижнего Амура. Вернулся в Забайкалье и пеший казачий полубатальон (конная сотня была оставлена близ Мариинского поста). Для обеспечения возвращавшихся войск на Амуре создавались особые посты с продовольственными и другими припасами. Их гарнизоны состояли из казаков 2-й конной бригады Забайкальского войска (всего 144 чел.), прибывших на Амур весной 1856 г. 

Создание «Амурской линии» явилось одним из шагов продолжавшихся административных преобразований на территории русского Дальнего Востока. В конце 1856 г. была образована Приморская обл. из бывшей Камчатской обл., территории нижнего Амура и Сахалина. Местопребыванием губернатора новой области стал Николаевский пост, переименованный в город Николаевск-на-Амуре.

Достижения на дипломатическом поприще подкреплялись успехами русских людей в освоении нового края. Интенсивно шло его заселение. Уже 19 июля 1858 г. губернатор Приморской обл. Корсаков доложил Муравьеву, что «Амурский конный казачий полк переселен ныне в полном составе в места нового своего расположения». Однако выяснилось, что шести сотен полка недостаточно для занятия предназначенной для него территории. Поэтому было решено переселить сюда еще две сотни, а затем разделить бывший Амурский полк на два самостоятельных (4-сотенного состава).

В конце 60-х — начале 70-х годов было осуществлено преобразование Иркутского и Енисейского конных казачьих полков. В 1867 г. генерал-губернатор Восточной Сибири возбудил ходатайство об упразднении этих полков, по которому 19 мая 1871 г. было принято следующее решение: Иркутский и Енисейский полки ликвидировать, а население их, кроме «коренных» казаков, обратить в гражданское состояние. «Коренные» казаки, лишившись организованной формы управления, не потеряли, однако, привилегий казачьего населения Восточной Сибири. Они наделялись землей и обязаны были нести службу в двух особых сотнях военного ведомства. Таким образом, казаки бывших Иркутского и Енисейского полков были переведены в состав «населения губерний без права самоуправления».